برای سونوگرافی تاکنون عارضه خیلی جدی بیان نشده، با این حال چون در علم پزشکی اصل بر این است که ممکن است روشی مانند سونوگرافی که از یک انرژی خاص استفاده می کند در کوتاه مدت بدون عارضه باشد دلی عوارض بلند مدتی داشته باشد که هنوز کشف نشده است، تا زمانی که روشی صد در صد بدون عارضه معرفی شود باید احتیاط های لازم صورت گیرد و نمی توان این روش را بدون دلیل موجهی انجام داد و درباهر خانم های باردار انجام بیش از سه بار سونوگرافی در طول دوره بارداری توصیه نمی شود. سونوگرافی سه بعدی به دلیل ایجاد گرمای زیاد در بافت باعث ایجاد عوارضی می شود و در خانم های باردار باید خیلی با حتیاط انجام شود زیرا در صورت طولانی شدن این آزمون از یک مدت زمان مشخص، احتمال گرم شدن مایع دور جنین و بروز عوارضی مانن سوختگی و مشکلات جدی برای جنین وجو دارد.
